在“城里有房还可以在农村申请宅基地建房吗”的问题上，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。
1. 进城落户的农村村民自愿有偿退出宅基地后再申请：国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地。如果出现已进城落户并自愿有偿退出原有宅基地的村民，之后又想回农村申请宅基地建房的情况，对其处理会造成影响，通常这类情况申请宅基地会非常困难，因为其已主动放弃了权利。
2. 因自然灾害等特殊原因导致原有宅基地灭失或严重损坏：如果出现因自然灾害（如地震、洪水）导致农村原有宅基地灭失或住房严重损坏，且无法原址重建的情况，对其处理会造成影响，即使申请人在城里有房，经批准也可能重新申请宅基地建房，这属于特殊的救济措施。
3. 地方政府对“户”的特殊认定标准：各地对“一户一宅”中“户”的划分标准可能存在差异。如果出现某些地区对“户”的认定不仅看户籍，还结合家庭人口数量、是否已婚分户等因素，那么这种对“户”的特殊认定会对宅基地申请处理造成影响，同一家庭在城里有房的不同成员，可能会因为“户”的认定不同而出现有的能申请有的不能申请的情况。
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“城里有房还可以在农村申请宅基地建房吗”这一问题，即使初步符合条件，也可能存在法律风险。
1. 申请被拒的风险：如果出现申请人虽然是农村户口，但村里宅基地资源紧张，或当地政策对“住房困难”有严格界定（如城里有房可能被认为不困难），那么即使理论上符合条件，实际申请也可能被村委会或乡镇政府拒绝。
2. 审批后被撤销的风险：如果申请人通过不正当手段获得了宅基地批准，但之后被查出在农村已有一处宅基地，或者提供了虚假的无房证明，那么已获得的批准是可能会被撤销的，已建房屋也可能面临拆除。

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